W czasie okupacji niemieckiej mieszkał m.in. przy ul. Grochowskiej, Spacerowej, Belwederskiej, Polnej i Grzybowskiej używając fałszywych nazwisk. W konspiracji od czerwca 1940 r., szef Wydziału III (Taktyczno-Wyszkoleniowego), a od października szef sztabu. Od maja 1941 r. Komendant Okręgu Warszawa-Miasto Związku Walki Zbrojnej - później samodzielnego Okręgu Warszawa AK "Drapacz" - "Przystań" - "Wydra" - "Prom". Mianowany pułkownikiem służby stałej rozkazem Naczelnego Wodza z 10.08.1942 r. 27 lipca 1944 r. ok. godz. 17:00 Ludwig Fischer, gubernator Dystryktu Warszawskiego, wydał zarządzenie o stawieniu się 100 tys. mężczyzn w dniu następnym do prac fortyfikacyjnych. W odpowiedzi płk Antoni Chruściel w dwie godziny później ogłosił alarm w podległym mu Okręgu Warszawskim AK. Rozkaz ten, zgodnie z planami ustalonymi jeszcze w 1942 r., był równoznaczny z rozkazem przygotowawczym do walki, który odwołany być nie mógł. Stan pogotowia pododdziałów miał się skończyć automatycznie wybuchem walki. A jednak na polecenie Komendanta Głównego AK gen. "Bora" Komorowskiego rozkaz ten został odwołany następnego dnia rano. 31.07.1944 r. późnym popołudniem, na ul. Filtrowej 68 podpisał rozkaz o godzinie "W".